Speaker
Mark Isalan

Description There are many gene knock-out and overexpression studies available in different organisms, but no one previously explored the effect of systematically adding new links to biological networks. We therefore constructed 598 different combinations of promoters and transcription- or sigma-factor coding regions, in Escherichia coli, and added these shuffled combinations over the genetic background of the wild type. In a way, this is reminiscent of the gene duplication and regulatory drift processes thought to shape gene networks during evolution. The study showed that most perturbations were active and yet tolerated by the bacteria. We have recently extended our initial analysis by selecting 57 shuffled network constructs for microarray transcriptome analysis. The resulting view allows us to explore the extent to which rewiring perturbations propagate across the network.

Speaker
Guillermo Alvarez de Toledo

Description La actividad neuronal requiere un constante reciclaje de vesículas sinapticas. Clásicamente, éstas se reforman a partir de endocitosis mediada por clatrina en zonas periféricas a la sinapsis. En células neuroendocrinas, se ha demostrado que es posible la reutilización de vesículas secretoras al producirse la apertura y cierre directa del poro de fusión. A esta vía se le ha denominado kiss-and-run. Sin embargo, existe gran controversia si la vía de kiss-and-run existe en sinapsis del sistema nervioso central. Usando sensores intrínsecos de pH, al unir la GFP a dos proteínas de vesículas sinápticas, Sinaptophluorina y Sinaptofisina, hemos estudiado los mecanismos del reciclaje en neuronas de hipocampo en cultivo. Hemos utilizado la estimulación fisiológica para activar la transmisión sináptica, en lugar de aplicar ?electro-shock? a las neurona en cultivo, al generar potenciales de acción en las mismas neuronas registradas y visualizadas. Observamos que la respuesta de los distintos botones sinápticos ante el estímulo fisiológico es heterogénea, a diferencia de la observada en condiciones de estimulación eléctrica masiva o por despolarización inducida por potasio. Los parámetros de fluorescencia medidos debido a la fusión de vesículas sinápticas tendieron a ser más uniformes a medida que se incrementa la intensidad y rango espacial de la estimulación. Estos datos sugieren que en condiciones fisiológicas, los botones sinápticas utilizan distintas vías de reciclado en función del grado metabólico y de actividad neuronal presente en la red neuronal. La activación masiva del cultivo, ?pone a cero? el sistema, eliminando diferencias generadas por la actividad previa del cultivo.

Speaker
Matthias Rief

Description

Single molecule mechanical experiments allow the observation of protein fluctuations over extended periods. In my talk I will show how the full free energy landscape of a single molecule of the GCN4 leucine zipper can be extracted using dual beam optical tweezers. To this end, we employed deconvolution force spectroscopy to follow an individual molecule's trajectory with high temporal and spatial resolution. We find a heterogeneous energy landscape of the GCN4 leucine zipper domain. The energy profile is divided into two stable C-terminal heptad repeats and two less stable repeats at the N-terminus. Energies and transition barrier positions were confirmed by single molecule kinetic analysis.

Speaker
Álvaro Corral

Description ABSTRACT

Speaker
Marisela Vélez

Description FtsZ is a bacterial soluble protein, structurally analogous to eukaryotic tubulin, involved in the formation of the septal complex responsible for cell division. I will present our work on the characterization of polymer structure and dynamics formed on mica and on planar lipid bilayers that mimic the environment encountered by the proteins inside the bacterial membrane. I will discuss results in modeling the dynamic behavior on mica and describe the rich polymorphism found when the protein is anchored to the lipid membrane with different orientations.